ISO 9001 is een internationale norm voor het kwaliteitsmanagementsysteem van een organisatie en de manier waarop zij met haar kwaliteitsbeleid omgaat. Het draait simpelweg om "Doe wat je zegt, zeg wat je doet en bewijs het". Centraal staat de klanttevredenheid. AFAS is sinds 2005 ISO
9001 gecertificeerd en heeft dit jaar de ISO-certificering weer voor drie jaar verlengd.
Volgens het certificeringsrapport is AFAS een organisatie die kwaliteit, denken, doen en handelen diep in haar organisatie heeft verankerd. Het werken met workflows zorgt ervoor dat alle medewerkers kennis en kunde van het pakket hebben. Dat maakt het bedrijf sterk en slagvaardig. Niet alleen de sterke betrokkenheid van de directie (door actief haar personeel te monitoren op verschillende manieren) zorgt niet alleen voor een hoge medewerkerbetrokkenheid, maar ook een vruchtbare bodem voor verbeteringen en kansen. De grote mate van betrokkenheid met haar klanten, ook buiten de zakelijke elementen van de samenwerking, zorgt voor een zeer tevreden klant en een uitstekende partner voor verhoging van kwaliteit van het product en dienst. Het rapport concludeert dat de organisatie met recht voor hercertificering kan worden aangemerkt.