AFAS Software is sinds 2013 ISO/IEC 27001-gecertificeerd en sinds 2005 ISO 9001. ISO 9001 is een internationale norm voor kwaliteitsmanagement. ISO 9001 wordt gebruikt om te beoordelen of AFAS in staat is om te voldoen aan de hoogste eisen van klanten, de op het product van toepassing zijnde wet- en regelgeving en de eisen van AFAS zelf. Bij AFAS staat ISO 9001 voor: zeg wat je doet, doe wat je zegt, bewijs het.